1400-tallet
I 1400-tallets slutning byggedes sakristiet. Man kan endnu i døråbningen se hullet til den gamle dørlås.
I samme århundrede blev den lille apsis revet ned og koret bygget større. Hvorfor mon? Måske ønskede den nye kirkeejer at blive begravet foran alteret? Den plads var som regel optaget af en tidligere kirkeejer. Men hvis man flyttede alteret, skaffede man sig en ny hædersplads foran dét. Eller måske ville man skaffe plads til en af de udskårne gotiske fløjaltertavler, som enhver kirke med respekt for sig selv anskaffede på den tid? Vi kan kun gætte. Vi har ikke en stump bevaret af Jørlunde Kirkes middelalderlige træskærerarbejder. Den eneste mindelse om den tids alterparti er det lille hul i hvælvingens top. Derigennem har rebet gået til messeklokken, der ringede ved nadverens indstiftelse. Sidst i middelalderen blev tårnet forhøjet og fik den røde tophue med de fine blændingsgavle, som står smukt mod den hvidkalkede kirke.
Hullet med låsemekanismen i sakristiet er højst sandsynligvis et spedalskhedshul. Sådan et har man haft i mange middelalderkirker, hvorfra de syge kunne gå hen og modtage brød og vin under gudstjenesten, som de ikke måtte deltag i på grund af smitterisikoen.